Organische stof in de bodem is de verzamelnaam voor al het materiaal in de bodem dat afkomstig is van micro-organismen, planten en dieren. Organische stof bestaat grotendeels uit complexe moleculen van koolstof (C), zuurstof (O) en waterstof (H). Het bevat ook kleine hoeveelheden andere organische stoffen (o.a. eiwitten en aminozuren), waaronder stikstof (N), fosfor (P) en zwavel (S).
Een richtlijn is dat koolstof ongeveer 50% van het organisch materiaal uitmaakt. Dit percentage varieert echter sterk (tussen 30 en 70%). Het werkelijke koolstofgehalte hangt onder meer af van de herkomst van het organisch materiaal en van de grondsoort.
Organische stof komt in de bodem terecht via de aanvoer van bijvoorbeeld gewasresten (bladeren, stengels en wortels) en dierlijke mest, groenbemesting en compost. Bacteriën, schimmels en andere bodemorganismen breken het af tot er onverteerbare resten overblijven. Het afbraakproces verloopt in verschillende stappen waarbij alle organismen van het bodemvoedselweb betrokken zijn.
De afbraak verloopt aanvankelijk snel, maar vertraagt daarna. Het kan tientallen jaren duren voordat pas aangebracht materiaal volledig is omgezet in stabiel organisch materiaal.