Ammonium (NH4+)
Hoewel ammonium (NH4+) een eindproduct van mineralisatie is, is het aandeel ervan in de bodem over het algemeen laag. Ammonium wordt door het bodemleven snel opgenomen in de bodem en vervolgens omgezet in nitraat (NO3-) in een produces genaamd nitrificatie. Omdat ammonium een kation is, kan het worden gebonden aan het klei-humuscomplex (CEC).
Hogere ammoniumgehaltes worden bijvoorbeeld aangetroffen na het toedienen van dierlijke mest. Het gebruik van langzaam werkende meststoffen leidt vaak tot hogere ammoniumgehaltes in de bodem. Gewassen nemen ammonium op wanneer het in de bodem aanwezig is.